Каждый файл сначала перекодируем с тем же качеством
И склеим
ffmpeg –i video1.avi –sameq video1.mpg
ffmpeg –i video2.avi –sameq video2.mpg
ffmpeg –i video3.avi –sameq video3.mpg
И склеим
cat video1.mpg video2.mpg video3.mpg | ffmpeg –f mpeg –i - -sameq video.